Осенью 2022 года у силовиков возникли вопросы к ней в рамках расследования коррупционного дела в отношении руководителя нескольких НКО Чернова.
Он стал подозреваемым в отмывании денег. Чернов дал показания о серых финансовых схемах, которые, вероятнее всего, применялись в «Открытом регионе», когда им руководила Макеева, — речь шла, предположительно, о ущербе в размере 235 миллионов рублей. В учреждении и у подчиненных Макеевой была проведена серия обысков.
Кроме того, в ходе расследования прозвучали претензии к легальности организации предвыборных викторин, проводимых учреждением.
Ценными призами в них были квартиры, автомобили и бытовая техника. Также сообщалось, что вопросы возникли и к ряду бюджетных учреждений — Центру адаптивного спорта, ЦСП, колледжу олимпийского резерва и другим. «Открытый регион» в разное время курировали бывшие вице-губернаторы ХМАО Шипилов и Шумакова (в то время она занимала пост директора департамента связи).