В 1970-ые годы он возглавлял пресловутое 5-ое отделение КГБ, усилиями которого за решетку попали многие правозащитники. Трофимов лично вел дела таких известных диссидентов, как Сергей Ковалев, Алекандр Болонкин, Натан Щаранский, Виктор Орехов, Александр Подрабинек, Кронид Любарский, Сергей Григорьянц и другие.
После пятого он возглавил третий отдел комитета госбезопасности - по борьбе с организованной преступностью, а затем стал замначальника Московского управления КГБ. На этих постах Трофимов участвовал в расследовании множества громких дел государственного уровня - "дело Елисеевского гастронома" (директор магазина Юрий Соколов за получение взяток от высокопоставленных лиц был приговорен к расстрелу), "дело "Океана" (привело к аресту замминистра Рытова и начальника "Рыбпромсбыта" Рогова, а также отставке министра Ишкова за коррупцию в Министерстве рыбного хозяйства СССР), "хлопковое дело" (окончилось заключением под стражу несколько сотен человек за огромные приписки при поставках хлопка из Узбекистана в Россию) и многие другие.
В середине 1996 года Трофимову было поручено расследование инцидента с сотрудниками предвыборного штаба кандидата в президенты Бориса Ельцина - Сергея Лисовского и Аркадия Евстафьева, которых поймали с коробкой из-под ксерокса, наполненной долларовыми купюрами (всего на сумму в 500 тысяч долларов).
В 1997 году Акимов оставил свой пост. А в 2005 году он был зверски убит.
Убийство произошло около 19.40 во дворе дома по Клязьминской улице. 65-летний генерал-полковник в отставке подъехал к дому на черном Jeep Cherokee. Вместе с ним была его 28-летняя жена Татьяна Копытцева и их четырехлетняя дочка Таня.
Припарковав джип во дворе своего дома, семья направилась к подъезду. Тут к ним подбежал убийца в маске и несколько раз выстрелил из пистолета. Раненный в голову и грудь генерал скончался на месте. Затем киллер выстрелил в голову его супруги, которая пыталась убежать. Четырехлетнюю Таню убийца пощадил.
Преступление так и не было раскрыто. Расследование дела приостановили в 2015 году.
Новости по теме: Ливинский Павел Анатольевич: Десятки квартир и украденные миллионы
Rucriminal.info знакомит читателей с записью разговора Бориса Березовский и Анатолия Трофимова. Трофимов говорит, что никакой информации у него нет, кроме того, что новым директором ФСБ может стать его «ученик Николай Ковалев. Березовский отвечает, что после их с Трофимовым разговора он работу начал, вопрос пока не решен, но в течении ближайшего времени все сможет сказать определенно. Уточняет, что получил поддержку всех партнеров, переговорил на самом высоком уровне. Трофимов говорит, что просит не за себя, а болеет за систему. Березовский замечает, что все болеют за систему и за своих близких, и очень важно, кто будет держать руку на пульсе. А здесь есть люди, проверенные, пусть и коротким, но очень сложным временем.
Две другие записи, публикуемые Rucriminal.info, весьма неплохо показывает методы, которыми действовал Березовский. Он был в товарищеских отношениях с Сергеем Доренко. Березовский очень хочет встретиться с журналистом с «глазу на глаз». Обычно во время таких встреч олигарх давал Доренко задания кого надо «замочить» в своих программах. Доренко объясняет, что не может так как договаривается с Наиной Ельциной об интервью о госпитализации Бориса Ельцина. Березовский недоволен, но переносит встречу на следующий день. Закончив этот разговор, Березовский тут же перезванивает Виталию Игнатенко, который тогда был заместителем Председателя Правительства, курирующего СМИ, рассказывает о планах Доренко и требует, чтобы ему не позволили сделать запланированное интервью.
